女性的染色體是XX，其中一條來自母親，另一條來自父親，所以她的智商同時受到父親和母親的共同影響（中和效應）。由于男性染色體是XY，Y染色體一定來自父親，而他的X染色體一定來自于母親，是否兒子的智商是由母親遺傳呢？實際情況并非如此，即便母親在兒子智力遺傳方面負主要責任，僅憑母親的聰明程度仍然不可能絕對預測兒子的智力水平。

    有科學家推測，相對于母親通過X染色體遺傳兒子智力，父親是通過常染色體基因影響兒子的大腦和行為。

    在漫長的進化過程中，X染色體上的大部分基因都得到了很好的保存；X染色體的進化并不主要依靠產生新基因，而很大程度上是舊基因產生了新組合。在精子和卵子形成過程中經歷減數分裂，配對的染色體發生聯會、互換、重組。

    當兒子從母親那里得到X染色體的時候，是已經經過了減數分裂和染色體重組的結果，混合了來自他外公和外婆的X染色體。母親位于X染色體上“天才基因的組合”在遺傳給下一代時被拆散了，并分散傳播下去；期待著再次出現相同“天才基因組合”的機會，也許是N代之后的事情。所以，X染色體上的“天才基因組合”只是個偶然事件而已，可遇而不可求。

    另一方面，當X染色體的某個“智商基因”發生突變時（假設突變成“天才”基因，或者變成“蠢材”基因），出生女兒時因為另一條正常X染色體具有中和效應而表現不明顯；出生兒子時Y染色體上沒有與X染色體相對應的基因配對以抵消或遮蔽它，突變的特征就顯露出來，兒子就表現為“天才”或者“蠢材”。

    因此，母親遺傳和基因突變共同決定兒子的智商，特殊“天才”或者“蠢材”往往是巨大基因變異的結果。

    最近的研究發現，Y染色體也影響智力，而常染色體對智力影響較X染色體更嚴重。已發現，約70個位于非性染色體上的基因會影響智力。5、9、10、13、18、21、22號染色體異常均導致嚴重智商障礙，相比之下，X染色體對智力影響實在算不上大。

    影響孩子智商的遺傳因素并不是決定性的，后天的培養和塑造更加關鍵。父親母親和子女的智商都有關系，但也都不起決定作用。國外的研究發現，父親和兒子智商的相關度為0.411，母親和兒子智商的相關度也僅為0.443(相關度越接近1，兩者相關性越強)，這不足10%的差距實在是微乎其微。